Ejercicio GEP-ISFG de interpretación de secuencias de ADNmt 2005-2006
Estimados compañeros:
Con
la intención de seguir mejorando en lo concerniente al análisis de
ADNmt y con la intención de poder obtener información que pueda ser útil
para todos, nos gustaría proponer un ejercicio de interpretación de
secuencias de ADNmt.
A continuación exponemos someramente en que consistiría el ejercicio:
- OBJETIVOS
- Analizar cuestiones relacionadas con la nomenclatura
- Criterios de interpretación
- Criterios de valoración estadística
- PLANTEAMIENTO
- Tres supuestos prácticos de cierta complejidad en los que el único análisis factible es la secuenciación de ADNmt
- Los "raw data" correspondientes a las distintas muestras en cada uno de los ejercicios se encontrarán en zips que podrán ser descargados en esta página a partir del día 16 de diciembre de 2005
- También estará disponible el archivo correspondiente la matriz que se empleo en el análisis de las muestras
- Se enviará a cada participante un formulario de respuestas, donde se expondrán los distintos ejercicios y una clave para poder acceder a los zips con los raw data de los distintos supuestos
- SE SOLICITA
- Edición de las secuencias indicando el programa de análisis empleado
- Emisión de conclusiones
- Valoración estadística (indicar bases de datos empleadas, tamaño de la base de datos, tratamiento estadístico...)
- Indicar programa empleado en el análisis
- Remisión de resultados antes del día 17 de febrero de 2006
En cada uno de los zips se encuentran los raw data de las distintas muestras implicadas en los diferentes ejercicios. Asimismo se adjunta el archivo correspondiente a la matriz con que dichos raw data fueron generados, por si algún laboratorio lo requiriera.
Normalmente
para cada muestra tendremos 4 raw data, correspondientes a las lecturas
"forward" y "reverse" de las regiones HV1 y HV2. Determinadas muestras
han requerido secuenciaciones adicionales para definir ciertas regiones
(tracto poliC de HV1) en éstas encontraremos 6 raw data. Cada raw data
está descrito atendiendo al siguiente código:
Por ejemplo: M3.1HV1for15997
M3.1: Identificación de la muestra
HV1: región analizada
For: dirección de lectura ("forward)
15997: Posición de hibridación del primer empleado
Ejercicio 1 (zip - 1.292 Kb)
Ejercicio 2 (zip - 839 Kb)
Ejercicio 3 (zip - 1.667 Kb)
Matriz (zip - 514 b)
Esperamos
que este ejercicio que os planteamos resulte interesante para vosotros y
os pediríamos que todos aquellos laboratorios que deseen participar nos
lo comuniquen antes del día 15 de diciembre de 2005 a la dirección de correo: [email protected].
No
olvidéis enviar cumplimentado el archivo que se adjunta "Formulario de
participación ejercicio interpretación ADNmt GEP 2005-2006". Para
cualquier consulta que queráis realizar no dudéis en contactar con
nosotros.
Muchas gracias a todos
Grupo de ADNmt del GEP-ISFG