Estudo de colaboração de STRs do cromossoma X 2009
Após o desenvolvimento de um X-STR Decaplex (Gusmão et al., Int J Legal Med. 2008 Dec 12. [Epub ahead of print]), nas últimas Jornadas do GEP-ISFG foi decidido dar continuidade a este trabalho de colaboração entre laboratórios do grupo com o objectivo de estimar frequências alélicas em diferentes populações.
Os laboratórios interessados em participar devem inscrever-se enviando um email a Leonor Gusmão ([email protected]). Para participar neste trabalho, os laboratórios terão que pagar uma inscrição de 50 euros para suportar gastos na compra e envio de primers. Para obter informação acerca de como realizar o pagamento, por favor consultem a pagina do grupo (http://www.gep-isfg.org/es/control-calidad/formas-pago.html), em caso de dúvida, contactem o tesoureiro, Manuel López ([email protected]).
Data limite para inscripção no exercício: 15 de Fevereiro de 2009
Aos laboratórios inscritos será enviada uma alíquota de primers para a amplificação dos 10 STRs incluídos no multiplex. A estes laboratórios pede-se que enviem os resultados obtidos para um mínimo de 200 homens, por e-mail a Leonor Gusmão ([email protected]) ou Paula Sánchez-Diz ([email protected]), de acuerdo con el formato del archivo que se envía adjunto.
Nota: Neste trabalho apenas poderão ser utilizados (nomeadamente, para uma futura publicação, em cuja autoria será incluído apenas um autor por laboratório) os dados dos laboratórios com resultados correctos nas amostras do CQ anual para todos os marcadores incluídos no X-Decaplex.
Data limite para envio de resultados: 25 de Julho de 2009
Protocolo de amplificação X-STR DECAPLEX
Tabela 1. Primers: sequencia e marcação
| Locus | Secuencia de los primer (5'-3') | Ref. |
| DXS8378 | 6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC | [1] |
| DXS9898 | 6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA | New |
| DXS7133 | 6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA | New |
| GATA31E08 | 6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA | New |
| GATA172D05 | VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC | [1] |
| DXS7423 | VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA | [1] |
| DXS6809 | VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG | New |
| DXS7132 | NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT | New |
| DXS9902 | NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA | New |
| DXS6789 | NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG | New |
[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)
Reactivos PCR:
- 10X Primer Mix (inclui todos os primers a uma concentração de 2µM. Na Tabela 1 esta indicada a sequencia e marcação dos primers)
- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)
PCR (Qiagen amplification kit)
| Volumen por muestra | ||
| 2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix | 5 µl | |
| 10x Primer mix | 1 µl | |
| H2O | 3,5 µl | |
|
9,5 µl |
+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl) | |
10 µl volumen final | ||
Condições cíclicas da PCR
Desnaturação inicial |
95 ºC |
15 min |
|
94 ºC |
30 sec | |
10 X |
60 ºC |
90 sec |
|
72 ºC |
60 sec | |
|
94 ºC |
30 sec | |
20 X |
58 ºC |
90 sec |
|
72 ºC |
60 sec | |
Extensión final |
60 ºC |
60 min |
Post PCR
Size standard LIZ500; Filtro G5
Size standard ROX500; Filtro D
Amostras de referencia:
9947A |
9948 |
NA3657 |
K562 |
References | |
DXS8378 |
10/11 |
11 |
12 |
10 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
DXS9898 |
12/15 |
13 |
- |
12 |
Shin et al. FSI 147: 35-41 (2005) |
DXS7133 |
9/10 |
11 |
9 |
10 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
GATA31E08 |
13 |
12 |
- |
13 |
Gusmao et al. IJLM 123: 227-234 (2009)* |
GATA172D05 |
10 |
6 |
9 |
12 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
DXS7423 |
14/15 |
14 |
13 |
17 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
DXS6809 |
31/34 |
31 |
29 |
34 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
DXS7132 |
12 |
13 |
12 |
13 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
DXS9902 |
12 |
13 |
13 |
12-13 |
Gusmao et al. IJLM 123: 227-234 (2009)** |
DXS6789 |
21/22 |
20 |
23 |
21 |
Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003) |
* Genotypes were changed by adding two repeats to the previously reported by Shin et al. FSI 147: 35-41 (2005)
** Genotypes were changed by adding one repeat to the previously reported by Szibor et al. FSI 138: 37-43 (2003)
NOTA: Ainda que apresentam-se resultados para K562 DNA (Promega), este DNA não deveria ser usado unicamente como amostra de referência
|
DXS8378 |
DXS9898 |
DXS7133 |
GATA31E08 |
GATA172D05 |
DXS7423 |
DXS6809 |
DXS7132 |
DXS9902 |
DXS6789 | |
|
GEP2003 |
||||||||||
|
M1 |
10/12 |
11/12 |
9/11 |
9/13 |
11 |
14/15 |
33 |
13 |
12.1/13 |
20/23 |
|
M4 |
12 |
11 |
11 |
9 |
11 |
14 |
33 |
13 |
13 |
23 |
|
GEP2004 |
||||||||||
|
M1 |
12 |
12 |
11 |
9 |
10 |
14 |
34 |
15 |
12 |
20 |
|
M2 |
12 |
12 |
11 |
13 |
10 |
15 |
33 |
13 |
12 |
21 |
|
M3 |
12 |
12 |
11 |
9/13 |
10 |
14/15 |
33/34 |
13/15 |
11/12 |
20/21 |
|
GEP2005 |
||||||||||
|
M1 |
10 |
8.3 |
9 |
12 |
11 |
15 |
36 |
13 |
13 |
23 |
|
M2 |
10/12 |
8.3/12 |
9/10 |
9/12 |
10/11 |
13/15 |
34/36 |
13/14 |
12/13 |
20/23 |
|
M3 |
10 |
14 |
9 |
11 |
8 |
15 |
31 |
15 |
10 |
20 |
|
M4 |
11 |
12 |
9 |
11 |
12 |
15 |
33 |
15 |
10 |
20 |
|
GEP2006 |
||||||||||
|
M1 |
11 |
11/13 |
9/10 |
9/13 |
10/11 |
15 |
30/32 |
13 |
12/13.1 |
15/16 |
|
M2 |
11/12 |
11/13 |
9/10 |
11/13 |
10/11 |
14/15 |
30/32 |
13 |
12/13.1 |
15/16 |
|
M3 |
13 |
12 |
11 |
12 |
6 |
14 |
34 |
14 |
12 |
21 |
|
M4 |
11/13 |
11/12 |
9/11 |
11/12 |
6/10 |
14 |
32/34 |
13/14 |
12 |
16/21 |
|
M5 |
10/11 |
8.3 |
9/10 |
12/13 |
8/10 |
15 |
28/33 |
15 |
11/12 |
20/22 |
|
GEP2007 |
||||||||||
|
M1 |
12 |
8.3/11 |
11 |
13 |
6/9 |
14/15 |
32/33 |
13/14 |
12 |
18/20 |
|
M2 |
10 |
12 |
9 |
12 |
8 |
14 |
31 |
15 |
12.1 |
20 |
|
M3 |
12 |
8.3 |
11 |
13 |
6 |
15 |
32 |
14 |
12 |
18 |
|
M4 |
13 |
8.3 |
9 |
12 |
10 |
15 |
32 |
15 |
11 |
20 |
|
M5 |
12 |
14 |
9 |
11 |
8 |
15 |
31 |
15 |
12 |
20 |
Resultados para os marcadores de cromossoma X nas amostras distribuídas nos controles anuais do GEP-ISFG