Ejercicio colaborativo GHEP-ISFG “Análisis de indels autosómicos informativos de grupo ancestral” - AIM-Indels 2014 - 1ª fase
De acuerdo con la propuesta en la pasada asamblea general, en 2014 se realizará la primera fase del Ejercicio colaborativo GHEP-ISFG “Análisis de indels autosómicos informativos de grupo ancestral”. En esta fase, se proveerá a los laboratorios participantes la mezcla de primers necesaria para implementar la técnica y genotipar las muestras M1, M2 y M3 incluidas en el Ejercicio Intercomparación 2014 (módulo parentesco, nivel básico). La implementación adecuada de la técnica y el genotipado correcto de las muestras de esta primera etapa permitirá al laboratorio el acceso a la segunda fase* del ejercicio que será propuesta en la próxima asamblea general.
El método de genotipado de las muestras es simple y semejante al realizado para STRs, comprendiendo una única PCR multiplex seguida de electroforesis capilar (Pereira et al., 2012 ).
El trabajo de laboratorio comprende las siguientes fases:
1. PCR multiplex. Se amplifican los 46 marcadores indel en una única reacción de PCR usando el mix de primers provisto. La mix de primers se encuentra optimizada para obtener productos de reacción equilibrados siguiendo el protocolo indicado. El protocolo original utiliza la master mix de amplificación “QIAGEN Multiplex PCR Kit”.
2. Separación electroforética de los fragmentos amplificados. A realizar en un secuenciador capilar tipo “ABI Genetic Analyzer” (310, 3100, 3130, 3500, 3730 ou variantes equivalentes). El protocolo original utiliza POP7 como polímero de separación (alternativamente podrán ser usados POP6 o POP4, siempre teniendo en cuenta las consecuentes alteraciones de movilidad electroforética).
El procesamiento adecuado de la muestra deberá resultar en un electroferograma semejante al mostrado en la figura. Como referencia se proveen ejemplos de electroferogramas de las muestras 9947A y 2800M, comúnmente disponibles como controles en kits comerciales.
A título de guía también se proporcionan archivos modelo de "paneles" y "bins" para importar en el programa de análisis GeneMapper, siendo todavía necesario ajustarlos a la movilidad electroforética específica de cada instrumento y tipo de polímero utilizados.
A los laboratorios participantes se enviará 100 µL de una mezcla de primers de PCR para el procesamiento de aproximadamente 100 reacciones (mezcla ya preparada conteniendo los pares de primers marcados con fluorescencia necesarios para la co-amplificación de los 46 marcadores). Otros materiales o reactivos necesarios para el estudio deberán ser aportados por el propio laboratorio participante.
Para informaciones complementarias o aclaración de dudas respecto al protocolo de reacción y lectura de los perfiles genéticos, debe contactarse con Rui Pereira ([email protected]).
Los resultados deberán ser enviados hasta un mes después de la fecha límite de envío de resultados del Ejercicio Intercomparación 2014, indicando el perfil genético de las muestras (en formato Excel de acuerdo con el modelo ), acompañado de los electroferogramas obtenidos en formato pdf.
Se recomienda guardar los archivos .fsa y/o los electroferogramas de todas las corridas electroforéticas realizadas una vez que los mismos podrán ser necesarios para aclarar dudas que puedan surgir.
* Nota: en la segunda fase se pedirá que cada laboratorio caracterice una o más poblaciones de interés para los 46 AIM-indels. Para la publicación de los resultados finales, el límite será de un autor por laboratorio para un mínimo de 100 individuos muestreados por población. Pueden ser aceptados hasta un máximo de dos autores por laboratorio, cuando se presentan los datos correspondientes de al menos dos poblaciones distintas, cada una con al menos 100 muestras.
Requisitos de los participantes
• Los participantes deberán ser obligatoriamente socios del GHEP-ISFG y tener las cuotas a tiempo.
• Abonar una cuota de participación de 100 euros en el plazo establecido (on-line con tarjeta de crédito o mediante transferencia bancaria según se describe en http://www.gep-isfg.org/es/control-calidad/formas-pago.html
Plazos
Fecha límite de inscripción: 31 de diciembre 2013
Fecha límite de pago: 7 de febrero 2014
Fecha límite para la presentación de los resultados: 12 de junio de 2014
Contactos
Leonor Gusmão: [email protected]
Rui Pereira: [email protected]