Ejercicio Colaborativo "Análisis de INDELs autosómicos para identificación humana" 2012

Desarrollo
El ejercicio comprederá dos fases. En la primera, se proveerá a los laboratorios participantes una mix de primers necesarios para el genotipado de un 38plex de indels autosómicos y habrá que analizar cuatro muestras control. El método de genotipado de las muestras es simple y semejante al realizado para STRs, consistiendo en una única multiplex seguida de electroforesis capilar (Pereira et al., 2009; Pereira & Gusmão, 2012).
 
La implementación adecuada de la técnica y el genotipado correcto de las muestras de esta primera etapa permitirá al laboratorio el acceso a la segunda fase del ejercicio. En esta segunda fase, se recomienda que cada laboratorio caracterice la(s) población(es) de referencia de interés para construir una base de datos genéticos adecuada a su rutina (mínimo de 100 muestras de una población).
 
Para la realización de este ejercicio, se proveerá a los laboratorios participantes de una alícuota de la mix de primers suficiente para un número de 500 reacciones. A los laboratorios interesados en caracterizar un mayor número de muestras/poblaciones (para ser incluidas en el presente trabajo) podrá enviarse una alícuota extra de primers, previa solicitud.
 
El trabajo de laboratorio comprende las siguientes fases:
1. PCR multiplex. Se amplifican los 38 marcadores en una única reacción de PCR usando el mix de primers provisto. La mix de primers se encuentra optimizada para obtener productos de reacción equilibrados siguiendo el protocolo indicado. El protocolo original utiliza la master mix de amplificación "QIAGEN Multiplex PCR Kit".
 
2. Separación electroforética de los fragmentos amplificados. A realizar en un secuenciador capilar tipo "ABI Genetic Analyzer" (310, 3100, 3130, 3500, 3730 o variantes equivalentes). El protocolo original utiliza POP7 como polímero de separación (alternativamente podrán ser usados POP6 o POP4, siempre teniendo en cuenta las consecuentes alteraciones de movilidad electroforética).
(Nota: entre las etapas 1 y 2 puede efectuarse un paso complementario de limpieza del producto de PCR.)
El procesamiento adecuado de la muestra deberá resultar en un electroferograma semejante al mostrado en la figura.
 
A los laboratorios participantes se enviará 500 uL de una mix de primers de PCR para el procesamiento de aproximadamente 500 reacciones (mezcla ya preparada conteniendo los pares de primers marcados con fluorescencia necesarios para la co-amplificación de los 38 marcadores). Cualquier otro material o reactivo necesario para llevar a cabo el estudio deberá ser aportado por el propio laboratorio participante.
 
Para la publicación de los resultados finales, el límite es de un autor por laboratorio para un mínimo de 100 individuos muestreados por población. Pueden ser aceptados hasta un máximo de dos autores por laboratorio, cuando se presentan los datos correspondientes de al menos dos poblaciones, cada una con al menos 100 muestras.
 
Para informaciones complementarias o aclaración de dudas respecto al protocolo de reacción y lectura de los perfiles genéticos, debe contactarse con Rui Pereira ([email protected]). El envío de archivos molde de "paneles" y "bins" para importar en el programa de análisis (por ejemplo GeneMapper), incluyendo soporte para su ajuste a la movilidad propia de cada aparato, se hará mediante solicitud al mismo correo.
 
Los genotipos obtenidos en la primera etapa deberán ser enviados hasta el 31 de enero de 2013. Los resultados deberán ser enviados indicando el perfil genético de las muestras, acompañado de la imagen de los electros obtenidos en formato pdf.
 
El genotipado de las poblaciones analizadas en la segunda etapa deberá ser informado hasta el 30 de junio de 2013. Los resultados deberán ser enviados en Excel de acuerdo con el modelo indicado.
 
Se recomienda guardar los archivos .fsa y/o los electroferogramas de todas las corridas electroforéticas realizadas una vez que los mismos podrán ser necesarios para aclarar dudas que puedan surgir.
 
Requisitos de los participantes
  • La persona responsable deberá ser obligatoriamente socio del GHEP-ISFG y tener las cuotas a tiempo.
  • El abono de una cuota de participación de 150 euros en el plazo establecido (on-line con tarjeta de crédito o mediante transferencia bancaria según se describe en http://www.gep-isfg.org//es/control-calidad/formas-pago.html).
Plazos
 
Fecha límite de inscripción: 31 de octubre 2012
Fecha límite de pago: 30 de noviembre 2012
 
Fecha límite para la presentación de los resultados:      1ª fase: 31 de enero 2013
2ª fase: 30 de junio 2013
 
Contacto
 
Rui Pereira (IPATIMUP, Porto, Portugal): [email protected]
 
 
Referencias

 

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Tabla de Genotipos Consenso