Estudio de colaboración de STRs de cromosoma X 2006

En las XI Jornadas del GEP-ISFG, en Madrid, ha sido presentada una propuesta de realización de un trabajo de colaboración entre laboratorios del grupo con el objetivo de evaluar un multiplex para estudio de X-STRs. Este trabajo será coordinado por el grupo de cromosomas sexuales del GEP-ISFG en colaboración con la Unidad de Medicina Legal del Laboratorio de Genética Forense de la Universidad de Cantabria y con el Instituto de Medicina Legal de Santiago de Compostela.

Los laboratorios interesados en participar deben inscribirse enviando un-mail a Leonor Gusmao ([email protected]). Para participar en este trabajo, los laboratorios tendrán que pagar una inscripción de 50 euros para soportar gastos para la compra y envío de primers y muestras. Para información acerca de cómo realizar el pago por favor consulta la página (http://www.gep-isfg.org/es/control-calidad/formas-pago.html) y, en caso de duda, contacta con el tesorero, Iñaki Yurrebaso ([email protected]).

Fecha limite para inscripción en el ejercicio: 15 de Noviembre de 2006

Se enviarán 2 muestras (manchas de sangre en papel FTA) y una alícuota de primers para la amplificación de los 10 STRs incluidos en el multiplex a todos los laboratorios inscritos.

Los resultados obtenidos para las 2 muestras enviadas, mediante la utilización del multiplex (cuyos protocolos se adjuntan al final de este documento), deben ser enviados por correo a Leonor Gusmão ([email protected]).

Fecha limite para envío de resultados: 31 de Enero de 2006

Protocolo de amplificación X-STR DECAPLEX

X-STRs: DXS8378, DXS9898, DXS7133, GATA31E08, GATA172D05, DXS7423, DXS6809, DXS7132, DXS9902, DXS6789

Tabla 1. Primers: secuencia y marcaje

Locus Secuencia de los primer (5'-3') Ref.
DXS8378 6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC [1]
DXS9898 6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA New
DXS7133 6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA New
GATA31E08 6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA New
GATA172D05 VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC [1]
DXS7423 VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA [1]
DXS6809 VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG New
DXS7132 NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT New
DXS9902 NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA New
DXS6789 NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG New

[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)

Reactivos PCR:

- 10X Primer Mix (incluye todos los primers a una concentración de 2µM. En la Tabla 1 esta indicada la secuencia y marcaje de los primers)

- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)

PCR (Qiagen amplification kit)

  Volumen por muestra  
2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix 5 µl  
10x Primer mix 1 µl  
H2O 3,5 µl    
     
 

9,5 µl

+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)

10 µl volumen final

Condiciones cíclicas de la PCR

Desnaturalización inicial

95 ºC

15 min

 

94 ºC

30 sec

10 X

60 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     
 

94 ºC

30 sec

20 X

58 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     

Extensión final

60 ºC

60 min

Post PCR

Size standard LIZ500; Filtro G5

Size standard ROX500; Filtro D

Muestras de referencia:

Locus 9947A 9948 NA3657 Referencia
DXS8378 10-11 11 12 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS9898 12-15 13 Gomes et al. IJLM (enviado)
DXS7133 9-10 11 9 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
GATA31E08 11 10 Shin et al. FSI 147 (2005) 35-41
GATA172D05 10 6 9 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS7423 14-15 14 13 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS6809 31-34 31 29 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS7132 12 13 12 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS9902 11 12 12 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS6789 21-22 20 23 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43