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Ejercicio colaborativo 2008

Grupo de trabajo de Genética forense no humana

Coordinadores: António Amorim y José J. Pestano Brito

INVITACION A PARTICIPAR EN UN EJERCICIO COLABORATIVO (2008)

De acuerdo con lo presentado en la Asamblea en las últimas Jornadas, en Copenhague, proponemos un trabajo colaborativo sobre perros (Canis familiaris) con muestras de pelos. Los laboratorios que pretendan realizar la primera parte del trabajo relativa al análisis de una muestra de sangre podrán solicitar también la respectiva muestra. Concretamente será de la siguiente forma:

  1. Será anunciada esta iniciativa en la website y a través de un e-mail general a los laboratorios miembros del GEP.
  2. Antes del 30 de Diciembre, los laboratorios interesados deberán solicitar su participación por correo electrónico a Barbara van Asch, ([email protected]), indicando la dirección postal y el nombre de la persona responsable a quien enviar las muestras, siguiendo el siguiente formato:
  3. José Juan Pestano Brito (Lab Genética, Inst. Anatomico Forense, Las Palmas de Gran Canaria) enviará una muestra de pelo a los laboratorios participantes antes del 30 de Enero.
  4. Se solicitará la secuencia de, por lo menos, un fragmento específico de HVR. Al final de este texto se indican las metodologías sugeridas y los límites mínimos de edición de secuencia interlaboratorial.
  5. Los resultados deberán ser remetidos de forma electrónica antes del 1 de Marzo. Los electroferogramas deberán ser guardados para posibles esclarecimentos de las dudas de interpretación. No serán considerados los resultados que no puedan ser confirmados por inspección de los respectivos electroferogramas.
  6. Los análisis de los resultados se realizarán por el IPATIMUP, siendo resueltas las dudas de interpretación en colaboración con el grupo de trabajo de ADN mitocondrial.
  7. Evidentemente sólo podrán participar los laboratorios miembros del GEP y los resultados considerados correctos permitirá a los laboratorios participantes contribuir con una muestra poblacional para la constitución de una base de datos y una publicación como co-autoria, con dos autores por laboratorio, siguiendo el modo habitual.
  8. Todas las dudas podrán ser aclaradas a través de Barbara van Asch ([email protected]).

Grupo de trabajo de genética forense no humana

EJERCICIO COLABORATIVO SOBRE mtDNA de Canis familiaris

Haplotipo de referencia A19 de la región control del ADN mitocondrial
Genebank accession NC_002008
Kim, KS, Lee, SE, Jeong, HW and Ha, JH

The complete nucleotide sequence of the domestic dog (Canis familiaris) mitochondrial genome.

Mol. Phylogenet. Evol 10(2): 210-220 (1998)

A19 Forward

15301 aaacaacctt ctaaaatgaa gagtctttgt agtataatca ttaccttggt cttgtaaacc
15361 aaaaatggag agtaaccgcc ctccctaaga ctcaaggaag aagctcttgc tccaccatca
15421 gcacccaaag ctgagattct tcttaaacta ttccctgaca cccctacatt catatattga
15481 atcaccccta ctgtgctatg tcagtatctc caggtaaacc cttctcccct cccctatgta
15541 cgtcgtgcat taatggtttg ccccatgcat ataagcatgt acataatatt atatccttac
15601 ataggacata ttaactcaat ctcataattc actgatcttt caacagtaat cgaatgcata
15661 tcacttagtc caataagggc ttaatcacca tgcctcgaga aaccatcaac ccttgctcgt
15721 aatgtccctc ttctcgctcc gggcccatac taacgtgggg gttactatca tgaaactata
15781 cctggcatct ggttcttact tcagggccat aaccttattt actccaatcc tactaattct
15841 cgcaaatggg acatctcgat ggactaatga ctaatcagcc catgatcaca cataactgtg
15901 gtgtcatgca tctggtatct tttaattttt agggggggaa tctgctatca ctcacctacg
15961 accgcaacgg cactaactct aacttatctt ctgctctcag ggaatatgcc cgtcgcggcc
16021 ctaatgcagt caaataactt gtagctggac ttattcatta tcatttatca actcacgcat
16081 aaaatcaagg tgctattcag tcaatggttt caggacatat agttttaggg tacacgtacg

Primers sugeridos:

Fragmento A (15341-15804)
 Ta: 58ºC
 Primer AF 5'-TTACCTTGGTCTTGTAAACC
 Primer AR 5'-CTGAAGTAAGAACCAGATGCC

Fragmento B (15746-16107)
 Ta: 60ºC
 Primer BF 5'-CATACTAACGTGGGGGTTAC
 Primer BR 5'-CCATTGACTGAATAGCACCTTG

Nota: En caso de utilizar otros primers, es necesario como mínimo la edición de las posiciones: 15458-16039

Nomenclatura:PEREIRA, L, VAN ASCH B, AMORIM A 

Standardisation of nomenclature for dog mtDNA D-loop: a prerequisite for launching a Canis familiaris database.

Forensic Sci Int 141: 99-108 (2004)

Condiciones de PCR:VAN ASCH, B, PEREIRA, L, PEREIRA, F, SANTA-RITA, P, LIMA, M, AMORIM, A.

MtDNA diversity among four Portuguese autochthonous dog breeds: a fine-scale characterisation.

BMC Genetics 6: 37 (2005)