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Estudio de colaboración de STRs de cromosoma X 2006

En las XI Jornadas del GEP-ISFG, en Madrid, ha sido presentada una propuesta de realización de un trabajo de colaboración entre laboratorios del grupo con el objetivo de evaluar un multiplex para estudio de X-STRs. Este trabajo será coordinado por el grupo de cromosomas sexuales del GEP-ISFG en colaboración con la Unidad de Medicina Legal del Laboratorio de Genética Forense de la Universidad de Cantabria y con el Instituto de Medicina Legal de Santiago de Compostela.

Los laboratorios interesados en participar deben inscribirse enviando un-mail a Leonor Gusmao ([email protected]). Para participar en este trabajo, los laboratorios tendrán que pagar una inscripción de 50 euros para soportar gastos para la compra y envío de primers y muestras. Para información acerca de cómo realizar el pago por favor consulta la página (http://www.gep-isfg.org/es/control-calidad/formas-pago.html) y, en caso de duda, contacta con el tesorero, Iñaki Yurrebaso ([email protected]).

Fecha limite para inscripción en el ejercicio: 15 de Noviembre de 2006

Se enviarán 2 muestras (manchas de sangre en papel FTA) y una alícuota de primers para la amplificación de los 10 STRs incluidos en el multiplex a todos los laboratorios inscritos.

Los resultados obtenidos para las 2 muestras enviadas, mediante la utilización del multiplex (cuyos protocolos se adjuntan al final de este documento), deben ser enviados por correo a Leonor Gusmão ([email protected]).

Fecha limite para envío de resultados: 31 de Enero de 2006

Protocolo de amplificación X-STR DECAPLEX

X-STRs: DXS8378, DXS9898, DXS7133, GATA31E08, GATA172D05, DXS7423, DXS6809, DXS7132, DXS9902, DXS6789

Tabla 1. Primers: secuencia y marcaje

Locus Secuencia de los primer (5'-3') Ref.

DXS8378 6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC [1]

DXS9898 6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA New

DXS7133 6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA New

GATA31E08 6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA New

GATA172D05 VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC [1]

DXS7423 VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA [1]

DXS6809 VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG New

DXS7132 NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT New

DXS9902 NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA New

DXS6789 NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG New

[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)

Reactivos PCR:

- 10X Primer Mix (incluye todos los primers a una concentración de 2µM. En la Tabla 1 esta indicada la secuencia y marcaje de los primers)

- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)

PCR (Qiagen amplification kit)

Volumen por muestra

2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix 5 µl

10x Primer mix 1 µl

H2O 3,5 µl

_{9,5 µl} _{+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)}

10 µl volumen final

Condiciones cíclicas de la PCR

Desnaturalización inicial
_{95 ºC} _{15 min}

_{94 ºC} _{30 sec}

10 X
_{60 ºC} _{90 sec}

_{72 ºC} _{60 sec}

_{94 ºC} _{30 sec}

20 X
_{58 ºC} _{90 sec}

_{72 ºC} _{60 sec}

Extensión final
_{60 ºC} _{60 min}

Post PCR

Size standard LIZ500; Filtro G5

Size standard ROX500; Filtro D

Muestras de referencia:

_Locus 9947A 9948 NA3657 Referencia

DXS8378 10-11 11 ₁₂ _{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}

_DXS9898 _12-15 ₁₃ Gomes et al. IJLM (enviado)

_DXS7133 _9-10 ₁₁ 9 Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

_GATA31E08 ₁₁ ₁₀ _{Shin et al. FSI 147 (2005) 35-41}

_GATA172D05 10 6 ₉ Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

_DXS7423 _14-15 14 ₁₃ _{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}

DXS6809 _31-34 ₃₁ ₂₉ Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

_DXS7132 12 ₁₃ ₁₂ _{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}

_DXS9902 11 ₁₂ ₁₂ _{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}

_DXS6789 _21-22 ₂₀ ₂₃ Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

Soporte Sarenet

Contacto

Locus	Secuencia de los primer (5'-3')	Ref.
DXS8378	6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC	[1]
DXS9898	6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA	New
DXS7133	6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA	New
GATA31E08	6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA	New
GATA172D05	VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC	[1]
DXS7423	VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA	[1]
DXS6809	VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG	New
DXS7132	NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT	New
DXS9902	NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA	New
DXS6789	NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG	New

	Volumen por muestra
2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix	5 µl
10x Primer mix	1 µl
H2O	3,5 µl

	_{9,5 µl}	_{+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)}
10 µl volumen final

Desnaturalización inicial	_{95 ºC}	_{15 min}
	_{94 ºC}	_{30 sec}
10 X	_{60 ºC}	_{90 sec}
	_{72 ºC}	_{60 sec}

	_{94 ºC}	_{30 sec}
20 X	_{58 ºC}	_{90 sec}
	_{72 ºC}	_{60 sec}

Extensión final	_{60 ºC}	_{60 min}

_Locus	9947A	9948	NA3657	Referencia
DXS8378	10-11	11	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS9898	_12-15	₁₃		Gomes et al. IJLM (enviado)
_DXS7133	_9-10	₁₁	9	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_GATA31E08	₁₁	₁₀		_{Shin et al. FSI 147 (2005) 35-41}
_GATA172D05	10	6	₉	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_DXS7423	_14-15	14	₁₃	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
DXS6809	_31-34	₃₁	₂₉	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_DXS7132	12	₁₃	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS9902	11	₁₂	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS6789	_21-22	₂₀	₂₃	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43