Ejercicio Colaborativo "Análisis de INDELs autosómicos para identificación humana" 2012
Desarrollo
El
ejercicio comprederá dos fases. En la primera, se proveerá a los
laboratorios participantes una mix de primers necesarios para el
genotipado de un 38plex de indels autosómicos y habrá que analizar
cuatro muestras control. El método de genotipado de las muestras es
simple y semejante al realizado para STRs, consistiendo en una única
multiplex seguida de electroforesis capilar (Pereira et al., 2009; Pereira & Gusmão, 2012).
La
implementación adecuada de la técnica y el genotipado correcto de las
muestras de esta primera etapa permitirá al laboratorio el acceso a la
segunda fase del ejercicio. En esta segunda fase, se recomienda que cada
laboratorio caracterice la(s) población(es) de referencia de interés
para construir una base de datos genéticos adecuada a su rutina (mínimo
de 100 muestras de una población).
Para
la realización de este ejercicio, se proveerá a los laboratorios
participantes de una alícuota de la mix de primers suficiente para un
número de 500 reacciones. A los laboratorios interesados en caracterizar
un mayor número de muestras/poblaciones (para ser incluidas en el
presente trabajo) podrá enviarse una alícuota extra de primers, previa
solicitud.
El trabajo de laboratorio comprende las siguientes fases:
1. PCR multiplex. Se amplifican los 38 marcadores en una única reacción de PCR usando el mix de primers provisto. La mix de primers se encuentra optimizada para obtener productos de reacción equilibrados siguiendo el protocolo indicado. El protocolo original utiliza la master mix de amplificación "QIAGEN Multiplex PCR Kit".2. Separación electroforética de los fragmentos amplificados. A realizar en un secuenciador capilar tipo "ABI Genetic Analyzer" (310, 3100, 3130, 3500, 3730 o variantes equivalentes). El protocolo original utiliza POP7 como polímero de separación (alternativamente podrán ser usados POP6 o POP4, siempre teniendo en cuenta las consecuentes alteraciones de movilidad electroforética).
(Nota: entre las etapas 1 y 2 puede efectuarse un paso complementario de limpieza del producto de PCR.)
El procesamiento adecuado de la muestra deberá resultar en un electroferograma semejante al mostrado en la figura.
A
los laboratorios participantes se enviará 500 uL de una mix de primers
de PCR para el procesamiento de aproximadamente 500 reacciones (mezcla
ya preparada conteniendo los pares de primers marcados con fluorescencia
necesarios para la co-amplificación de los 38 marcadores). Cualquier
otro material o reactivo necesario para llevar a cabo el estudio deberá
ser aportado por el propio laboratorio participante.
Para
la publicación de los resultados finales, el límite es de un autor por
laboratorio para un mínimo de 100 individuos muestreados por población.
Pueden ser aceptados hasta un máximo de dos autores por laboratorio,
cuando se presentan los datos correspondientes de al menos dos
poblaciones, cada una con al menos 100 muestras.
Para
informaciones complementarias o aclaración de dudas respecto al
protocolo de reacción y lectura de los perfiles genéticos, debe
contactarse con Rui Pereira ([email protected]).
El envío de archivos molde de "paneles" y "bins" para importar en el
programa de análisis (por ejemplo GeneMapper), incluyendo soporte para
su ajuste a la movilidad propia de cada aparato, se hará mediante
solicitud al mismo correo.
Los genotipos obtenidos en la primera etapa deberán ser enviados hasta el 31 de enero de 2013.
Los resultados deberán ser enviados indicando el perfil genético de las
muestras, acompañado de la imagen de los electros obtenidos en formato
pdf.
El genotipado de las poblaciones analizadas en la segunda etapa deberá ser informado hasta el 30 de junio de 2013. Los resultados deberán ser enviados en Excel de acuerdo con el modelo indicado.
Se
recomienda guardar los archivos .fsa y/o los electroferogramas de todas
las corridas electroforéticas realizadas una vez que los mismos podrán
ser necesarios para aclarar dudas que puedan surgir.
Requisitos de los participantes
- La persona responsable deberá ser obligatoriamente socio del GHEP-ISFG y tener las cuotas a tiempo.
- El abono de una cuota de participación de 150 euros en el plazo establecido (on-line con tarjeta de crédito o mediante transferencia bancaria según se describe en http://www.gep-isfg.org//es/control-calidad/formas-pago.html).
Plazos
Fecha límite de inscripción: 31 de octubre 2012
Fecha límite de pago: 30 de noviembre 2012
Fecha límite para la presentación de los resultados: 1ª fase: 31 de enero 2013
2ª fase: 30 de junio 2013
Contacto
Rui Pereira (IPATIMUP, Porto, Portugal): [email protected]
Referencias