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Recogida

Ejercicio GEP-ISFG de interpretación de secuencias de ADNmt 2005-2006

Estimados compañeros:

Con la intención de seguir mejorando en lo concerniente al análisis de ADNmt y con la intención de poder obtener información que pueda ser útil para todos, nos gustaría proponer un ejercicio de interpretación de secuencias de ADNmt.

A continuación exponemos someramente en que consistiría el ejercicio:

OBJETIVOS

Analizar cuestiones relacionadas con la nomenclatura
Criterios de interpretación
Criterios de valoración estadística

PLANTEAMIENTO

Tres supuestos prácticos de cierta complejidad en los que el único análisis factible es la secuenciación de ADNmt
Los “raw data” correspondientes a las distintas muestras en cada uno de los ejercicios se encontrarán en zips que podrán ser descargados en esta página a partir del día 16 de diciembre de 2005
También estará disponible el archivo correspondiente la matriz que se empleo en el análisis de las muestras
Se enviará a cada participante un formulario de respuestas, donde se expondrán los distintos ejercicios y una clave para poder acceder a los zips con los raw data de los distintos supuestos

SE SOLICITA

Edición de las secuencias indicando el programa de análisis empleado
Emisión de conclusiones
Valoración estadística (indicar bases de datos empleadas, tamaño de la base de datos, tratamiento estadísticoï¿½)
Indicar programa empleado en el análisis
Remisión de resultados antes del día 17 de febrero de 2006

En cada uno de los zips se encuentran los raw data de las distintas muestras implicadas en los diferentes ejercicios. Asimismo se adjunta el archivo correspondiente a la matriz con que dichos raw data fueron generados, por si algún laboratorio lo requiriera.

Normalmente para cada muestra tendremos 4 raw data, correspondientes a las lecturas “forward” y “reverse” de las regiones HV1 y HV2. Determinadas muestras han requerido secuenciaciones adicionales para definir ciertas regiones (tracto poliC de HV1) en éstas encontraremos 6 raw data. Cada raw data está descrito atendiendo al siguiente código:

Por ejemplo: M3.1HV1for15997

M3.1: Identificación de la muestra

HV1: región analizada

For: dirección de lectura (“forward)

15997: Posición de hibridación del primer empleado

Ejercicio 1 (zip - 1.292 Kb)

Ejercicio 2 (zip - 839 Kb)

Ejercicio 3 (zip - 1.667 Kb)

Matriz (zip - 514 b)

Esperamos que este ejercicio que os planteamos resulte interesante para vosotros y os pediríamos que todos aquellos laboratorios que deseen participar nos lo comuniquen antes del día 15 de diciembre de 2005 a la dirección de correo: [email protected].

No olvidéis enviar cumplimentado el archivo que se adjunta “Formulario de participación ejercicio interpretación ADNmt GEP 2005-2006”. Para cualquier consulta que queráis realizar no dudéis en contactar con nosotros.

Muchas gracias a todos

Grupo de ADNmt del GEP-ISFG

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