Grupo Español y Portugués de la ISFG
Grupo Español y Portugués de la ISFG
Estudio de colaboración de STRs de cromosoma X
 
Después del desarrollo de un X-STR Decaplex (Gusmão et al., Int J Legal Med. 2008 Dec 12. [Epub ahead of print]), en las últimas Jornadas del GEP-ISFG se decidió dar continuidad a este trabajo de colaboración entre laboratorios del grupo con el objetivo de estimar frecuencias alélicas en diferentes poblaciones.
 
Los laboratorios interesados en participar deben inscribirse enviando un email a Leonor Gusmão ([email protected]). Para participar en este trabajo, los laboratorios tendrán que pagar una inscripción de 50 euros que cubrirá los gastos de compra y envío de primers. Para obtener información acerca de como realizar el pago, por favor, consulten la página web del grupo (http://www.gep-isfg.org/ISFG/Castellano/Control_de_calidad/formas_pago.php)  y, en caso de duda, contacten con el tesorero, Manuel López ([email protected]).
 
Fecha limite de inscripción en el ejercicio: 15 de Febrero de 2009
 
Los laboratorios inscritos recibirán una alícuota de primers para la amplificación de los 10 STRs incluidos en el multiplex. Pedimos a estos laboratorios que envíen los resultados obtenidos para un mínimo de 200 hombres, por e-mail a Leonor Gusmão ([email protected]) o Paula Sánchez-Diz ([email protected]), de acuerdo con el formato del archivo que se envía adjunto.
 
Nota: En este trabajo solo podrán ser utilizados (para una futura publicación, en cuya autoría será incluido sólo un autor por laboratorio) los datos de los laboratorios con resultados correctos en las muestras del CC anual para todos los marcadores incluidos en el X-Decaplex.
 
Fecha límite para envío de resultados: 25 de Julio de 2009
 
Protocolo de amplificación X-STR DECAPLEX 
 
Tabla 1. Primers: secuencia y marcaje

 

Locus
Secuencia de los primer (5’-3’)
Ref.
DXS8378
6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC
[1]
DXS9898
6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA
New
DXS7133
6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA
New
GATA31E08
6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA
New
GATA172D05
VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC
[1]
DXS7423
VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA
[1]
DXS6809
VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG
New

 

DXS7132
NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT
New
DXS9902
NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA
New
DXS6789
NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG
New

 

[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)

 

Reactivos PCR:
- 10X Primer Mix (incluye todos los primers a una concentración de 2µM. En la Tabla 1 esta indicada la secuencia y marcaje de los primers)
- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)
 
 
PCR (Qiagen amplification kit)
 

 
Volumen por muestra

 

 
2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix
5 µl
 
10x Primer mix
1 µl
 
H2O
3,5 µl
 
 
 
 
 
 

9,5 µl

+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)

10 µl volumen final

 

Condiciones cíclicas de la PCR

 

Desnaturalización inicial

95 ºC

15 min

 

94 ºC

30 sec

10 X

60 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     
 

94 ºC

30 sec

20 X

58 ºC

90 sec

 

72 ºC

60 sec

     

Extensión final

60 ºC

60 min

 

Post PCR
 
Size standard LIZ500; Filtro G5
Size standard ROX500; Filtro D

 
 
Muestras de referencia:
 

Locus
9947A
9948
NA3657
Referencia
DXS8378
10/11
11
12
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS9898
12/15
13

 

Gomes et al. IJLM (enviado)
DXS7133
9/10
11
9
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
GATA31E08
11
10

 

Shin et al. FSI 147 (2005) 35-41
GATA172D05
10
6
9
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS7423
14/15
14
13
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS6809
31/34
31
29
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS7132
12
13
12
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS9902
11
12
12
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
DXS6789
21/22
20
23
Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

 

 
NOTA: Aunque se presentan resultados para K562 DNA (Promega), este ADN no debería ser usado únicamente como muestra de referencia
 
 

 

DXS8378

DXS9898

DXS7133

GATA31E08

GATA172D05

DXS7423

DXS6809

DXS7132

DXS9902

DXS6789

GEP2003

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

M1

10/12

11/12

9/11

9/13

11

14/15

33

13

12.1/13

20/23

M4

12

11

11

9

11

14

33

13

13

23

GEP2004

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

M1

12

12

11

9

10

14

34

15

12

20

M2

12

12

11

13

10

15

33

13

12

21

M3

12

12

11

9/13

10

14/15

33/34

13/15

11/12

20/21

GEP2005

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

M1

10

8.3

9

12

11

15

36

13

13

23

M2

10/12

8.3/12

9/10

9/12

10/11

13/15

34/36

13/14

12/13

20/23

M3

10

14

9

11

8

15

31

15

10

20

M4

11

12

9

11

12

15

33

15

10

20

GEP2006

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

M1

11

11/13

9/10

9/13

10/11

15

30/32

13

12/13.1

15/16

M2

11/12

11/13

9/10

11/13

10/11

14/15

30/32

13

12/13.1

15/16

M3

13

12

11

12

6

14

34

14

12

21

M4

11/13

11/12

9/11

11/12

6/10

14

32/34

13/14

12

16/21

M5

10/11

8.3

9/10

12/13

8/10

15

28/33

15

11/12

20/22

GEP2007

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

M1

12

8.3/11

11

13

6/9

14/15

32/33

13/14

12

18/20

M2

10

12

9

12

8

14

31

15

12.1

20

M3

12

8.3

11

13

6

15

32

14

12

18

M4

13

8.3

9

12

10

15

32

15

11

20

M5

12

14

9

11

8

15

31

15

12

20

 
Resultados para los marcadores de cromosoma X en las muestras distribuidas en los controles anuales del GEP-ISFG