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Estudo de colaboração de STRs do cromossoma X 2006

Nas XI Jornadas do GEP-ISFG, em Madrid, foi apresentada uma proposta de realização de um trabalho de colaboração entre laboratórios do grupo com o objectivo de se avaliar um multiplex para estudo de X-STRs. Este trabalho será coordenado pelo grupo de cromossomas sexuais do GEP-ISFG em colaboração com a "Unidad de Medicina Legal del Laboratorio de Genética Forense de la Universidad de Cantabria" e com o "Instituto de Medicina Legal de Santiago de Compostela".

Os laboratórios interessados em participar devem inscrever-se enviando un e-mail a Leonor Gusmão ([email protected]). Para participar neste trabalho, os laboratórios terão que pagar uma inscrição de 50 euros para suportar gastos na compra e envio de primers e amostras. Para obter informação acerca de como realizar o pagamento, por favor consultem a pagina web do grupo (http://www.gep-isfg.org/pt/controle-qualidade/formas-pagamento.html) e, em caso de dúvida, contactem o tesoureiro, Iñaki Yurrebaso ([email protected]).

Data limite para inscrição no exercício: 15 de Novembro de 2006

Aos laboratórios inscritos, serão enviadas 2 amostras (manchas de sangue em papel FTA) e uma alíquota de primers para a amplificação dos 10 STRs

Aos laboratórios inscritos, serão enviadas 2 amostras (manchas de sangue em papel FTA) e uma alíquota de primers para a amplificação dos 10 STRs incluídos no multiplex.

Os resultados obtidos para as 2 amostras enviadas, mediante a utilização do multiplex (cujos protocolos se anexam no final deste documento), devem ser enviados por e-mail a Leonor Gusmão ([email protected]).

Data limite para envio de resultados: 31 de Janeiro de 2006

Protocolo de amplificação X-STR DECAPLEX

X-STRs: DXS8378, DXS9898, DXS7133, GATA31E08, GATA172D05, DXS7423, DXS6809, DXS7132, DXS9902, DXS6789

Tabela 1. Primers: sequencia e marcação

Locus	Secuencia de los primer (5'-3')	Ref.
DXS8378	6-FAM TTAGGCAACCCGGTGGTCC ACAAGAACGAAACTCCAACTC	[1]
DXS9898	6-FAM CGAGCACACCTACAAAAGCTG TAGGCTCACCTCACTGAGCA	New
DXS7133	6-FAM CACTTCCAAAAGGGGAAAAA ACTTGTACTTGGTGGGAGGAA	New
GATA31E08	6-FAM GCAAGGGGAGAAGGCTAGAA TCAGCTGACAGAGCACAGAGA	New
GATA172D05	VIC TAGTGGTGATGGTTGCACAG ATAATTGAAAGCCCGGATTC	[1]
DXS7423	VIC GTCTTCCTGTCATCTCCCAAC TAGCTTAGCGCCTGGCACATA	[1]
DXS6809	VIC TCCATCTTTCTCTGAACCTTCC TGCTTTAGGCTGATGTGAGG	New
DXS7132	NED TCCCCTCTCATCTATCTGACTG CACTCCTGGTGCCAAACTCT	New
DXS9902	NED CTGGGTGAAGAGAAGCAGGA GGCAATACACATTCATATCAGGA	New
DXS6789	NED CTTCATTATGTGCTGGGGTAAA ACCTCGTGATCATGTAAGTTGG	New

[1] Edelmann et al. Forensic Sci Int 129: 99-103 (2002)

Reactivos PCR:

- 10X Primer Mix (inclui todos os primers a uma concentração de 2µM. Na Tabela 1 esta indicada a sequencia e marcação dos primers)

- QIAGEN Multiplex PCR kit (http://www.qiagen.com)

PCR (Qiagen amplification kit)

	Volume per amostra
2x Qiagen Multiplex PCR Master Mix	5 µl
10x Primer mix	1 µl
H2O	3,5 µl

	_{9,5 µl}	_{+ 0.5 µl ADN (1 ng/µl)}
10 µl volume final

Condições cíclicas da PCR

Desnaturação inicial	_{95 ºC}	_{15 min}
	_{94 ºC}	_{30 sec}
10 X	_{60 ºC}	_{90 sec}
	_{72 ºC}	_{60 sec}

	_{94 ºC}	_{30 sec}
20 X	_{58 ºC}	_{90 sec}
	_{72 ºC}	_{60 sec}

Extenção final	_{60 ºC}	_{60 min}

Post PCR

Size standard LIZ500; Filtro G5

Size standard ROX500; Filtro D

Amostras de referencia:

_Locus	9947A	9948	NA3657	Referencia
DXS8378	10-11	11	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS9898	_12-15	₁₃		Gomes et al. IJLM (enviado)
_DXS7133	_9-10	₁₁	9	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_GATA31E08	₁₁	₁₀		_{Shin et al. FSI 147 (2005) 35-41}
_GATA172D05	10	6	₉	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_DXS7423	_14-15	14	₁₃	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
DXS6809	_31-34	₃₁	₂₉	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43
_DXS7132	12	₁₃	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS9902	11	₁₂	₁₂	_{Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43}
_DXS6789	_21-22	₂₀	₂₃	Szibor et al. FSI 138 (2003) 37-43

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